31.01.95г. Главой администрации г. Чебоксары было принято постановление №64 «О создании городского реабилитационного центра «Феникс» для детей и подростков» по адресу: ул. Цивильская, д.17, который в 1996г. был реорганизован в «Чебоксарский городской центр реабилитации для детей и подростков». Этот центр расположился в здании бывшего детского сада №87 по адресу: проспект Мира, д.31. Первым директором был Степанов Алексей Никонович. Уже в первый год в учреждении функционировало пять отделений, амбулаторный прием вели врач-невропатолог, врач-педиатр, врач ЛФК. Многие потенциально эффективные виды помощи инвалидам только зарождались, изучались и внедрялись работниками учреждения.

В июле 1996г. центр переименовывается в "Чебоксарский городской центр реабилитации для лиц с дефектами умственного и физического развития" (учредитель - Управление здравоохранения администрации г.Чебоксары), а в январе 2002г. - в "Чебоксарский городской центр реабилитации для лиц с ограниченными возможностями" (учредитель - Администрация Ленинского района г.Чебоксары).

В 1998г. центр возглавлял Ахвандеров Юрий Авенирович, а в 2001г. на смену ему пришла Александрова Аэлита Владимировна.

С  2003г. по 2022 г. центр возглавляла Шафейкина Елена Васильевна - заслуженный врач Чувашской Республики.

С 1 сентября 2022 г. центр возглавляет Григорьева Зоя Алексеевна.

Учитывая потребности детей с ограниченными возможностями из сельской местности республики в комплексной реабилитации, в 2005г. было создано Республиканское Государственное Учреждение «Реабилитационный центр для детей и подростков с ограниченными возможностями» (постановление Кабинета Министров ЧР от 23.11.2004г. №289). В центре открылось стационарное отделение с пропускной мощностью 10 коек круглосуточного стационара и 10 коек дневной группы. Уже в первый год в стационарном отделении прошло реабилитацию более 150 детей.

15.04.2009г. введен в эксплуатацию новый корпус, построенный в рамках федеральной и республиканской программ «Дети России» и «Дети Чувашии».

На сегодняшний день пропускная мощность составляет 110 детей в день, в том числе 30 детей с круглосуточным пребыванием, 20 – с пребыванием в дневном стационаре и 60 детей амбулаторно. Ежегодно полный курс реабилитации в Центре проходят около 1400 детей.

С 2009г. Центр активно сотрудничает с ФГУ ЦТОЭ и принимает пациентов на реабилитацию в послеоперационном периоде, что позволило увеличить эффективность реабилитации детей с ДЦП и другими заболеваниями ОДА.

С 2010г. учреждение является опорно-экспериментальной площадкой в ПФО по направлению: «Полипрофессиональный подход к медико-социальной реабилитации и средовой адаптации ребенка-инвалида».

С марта 2012г. на базе учреждения функционирует Даун-центр, созданный с целью систематизации работы с семьями, воспитывающими детей с синдромом Дауна, с созданием единого банка данных и оказания методической, психолого-педагогической помощи семьям, их воспитывающим.